L’ambiente marino costiero tra Noli e Bergeggi è interessato dalla Zona Speciale di Conservazione IT 1323271, istituita per tutelare la prateria di Posidonia oceanica che si estende per circa 83 ettari da Noli fino all’Isola di Bergeggi, con batimetrie comprese tra i 10 ed i 20 m di profondità. Il limite superiore, irregolare e notevolmente digitato, è preceduto da un fondale sabbioso con rada copertura a Cymodocea nodosa. La matte morta è stata colonizzata dall’alga verde invasiva tropicale Caulerpa racemosa.
L’alga bruna Cystoseira amentacea var. stricta è distribuita in abbondanza e con continuità su tutte le coste che rientrano nei confini dell’AMP; in percentuali minori si trova Cystoseira compressa. Queste alghe, ad elevata sensibilità all’inquinamento, testimoniano una buona condizione delle acque.
L’alga rossa Corallina elongata è presente, con popolamenti densi, nelle aree in cui i cistoseireti sono più radi; le alghe verdi sono presenti con l’ordine Ulvales, che comprende molte specie tionitrofile.
All’ingresso delle grotte, le alghe frondose sono scarse, rappresentate da Dictyota dichotoma, e procedendo verso l’interno scompaiono a vantaggio delle alghe incrostanti.
Sull’Isola è presente la macchia mediterranea, con specie endemiche come la Campanula sabatia.
Le falesie della costa sono caratterizzate dalla presenza di psammofite, quali, ad esempio, il finocchio marino, la barba di Giove, il papavero delle spiagge.
